GNS3 И ЖЁСТКАЯ База сетей. Проработать необходимо всё.

Модель оси 2,3,4, 567 - это всё приложения, это ПМ2 и ПМ3

Так как Дисциплина большая, то пусть и подробно стек TCP/IP будет тут

TIP

Где же узнать какие порты для каких протоколов используются? Откуда Linux знает об этих портах?

Ответ: /etc/services

https://www.lartc.org/lartc.html

https://www.ibiblio.org/pub/linux/docs/HOWTO/other-formats/html_single/NET3-4-HOWTO.html

https://www.netfilter.org/documentation/HOWTO/networking-concepts-HOWTO.html